Сразу же после занятия города немцами Янтарную комнату внимательно осмотрели два офицера-искусствоведа. Известный немецкий исследователь и знаток янтаря А. Роде, резюмируя результаты осмотра, писал, что Янтарный кабинет может быть спасен только в том случае, если будет быстро демонтирован. Такая формулировка вполне удовлетворяла начальника немецких войсковых музеев, по поручению которого производился осмотр: она прикрывала разбойничий грабеж немецких войск в оккупированном городе. Янтарная комната была разобрана шестью солдатами строительной команды под руководством унтер-офицера всего за 36 час.

Упакованную в 22 ящика Янтарную комнату доставили в город Кенигсберг (ныне Калининград). В 1942 г. она была смонтирована снова в одной из комнат королевского замка. Несмотря на тщательпость, с которой производился демонтаж, отдельные детали комнаты все же затерялись. Их воспроизвели по фотографиям. Отсутствующие зеркальные пилястры и золоченые фигуры ничем не заменялись. Облицовка Янтарной комнаты в Кенигсберге предстала в стиле барокко, тогда как раньше вставки были выполнены в стиле русского рококо. Янтарная комната уже не выглядела такой роскошной, как Екатерининском дворце. Летом 1943 г. она была открыта для посещения.

Весной 1945 г. в связи с приближением к Кенигсбергу советских войск и усилившейся бомбардировкой города английской авиацией Янтарную комнату снова демонтировали и спрятали в подвальчике ресторана «Блютгерихт». Последний раз ящики с деталями комнаты видели здесь за три дня до штурма города советскими войсками - 6 апреля 1945 г. С этого времени Янтарная комната считается утеряной. Поиски ее продолжаются и по сей день.

Судьба Янтарной комнаты волнует советских людей. Вместе с тщательными ее поисками (рассматривается каждая заявка, касающаяся предполагаемого ее местонахождения) сделаны первые попытки реконструкции комнаты по фотографиям и рисункам, чертежам и другим материалам, хранящимся в Центральном государственном историческом архиве СССР. Восстановление Янтарной комнаты в первозданном виде, точнее, создание ее заново - задача сложная. Напомним, что в Янтарной комнате но было ни одной вещи, которая бы себя повторяла. До сих пор отсутствуют данные о величине многих деталей, что не позволяет привести изделия из янтаря в соответствие с настоящими размерами комнаты. Вызывает затруднение и воспроизведение истинного цвета каждой детали по имеющимся черно-белым фотографиям. Необходимо также учитывать, что цвет янтаря не остается постоянным, со временем он становится более интенсивным. Это обстоятельство нужно принимать во внимание при изготовлении фигур, состоящих из нескольких кусочков, тщательно подобранных по цвету и постепенно переходящих один в другой. Новые перспективы открываются при работе с окрашенным янтарем.

Работы по воссозданию Янтарной комнаты, начатые в 1974 г., идут медленно. В настоящее время восстановлены архитектура комнаты и большой плафон. С 1982 г. работы по воссозданию Янтарной комнаты проводит ленинградское объединение «Реставратор». Даже с небольшим количеством выставленных фигурок из янтаря и эскизами будущего интерьера она производит весьма приятное впечатление.

Недалеко то время, когда реставрированная Янтарная комната снова распахнет свои двери перед посетителями.

Давным-давно человек заметил, что во многих образцах янтаря находятся удивительные предметы: лепестки цветов, обрывки листьев, иглы хвойных, кусочки и даже целые веточки деревьев и другие растительные остатки, хорошо видимые сквозь прозрачную оболочку. Особенно удивляла прекрасная сохранность насекомых и паукообразных, некогда попавших в жидкую клейкую смолу и навеки оставшихся в ней. Песчинки и комочки земли могли быть занесены туда ветром или лапками насекомых. Навеки застыли в золотистом плену обрывки коры, перья птиц, клочки шерсти животных, споры и семена растений и даже капли воды (дождя или росы), которые не испарились и тем самым подтвердили герметичность «янтарной гробницы». Кроме них, в янтаре обнаруживаются пузырьки воздуха и разные минералы. Такие законсервированные в янтаре вещества называют включениями (инклюзиями). Ученые древности полагали, что янтарь притягивает эти вещества так же, как притягивает шерстинки и солому.

По своей сохранности включения в янтаре выгодно отличаются от отпечатков в осадочных породах и могут быть изучены столь подробно, что и современные организмы. Поэтому кусочки янтаря с включениями имеют большую ценность для науки. По микроскопическим остаткам животных и растений, по лепесткам цветов, спорам и семенам ученые воссоздают облик того таинственного леса, который рос миллионы лет назад. Только благодаря янтарю было установлено около 3 тыс. видов членистоногих (из 838 тыс., известных науке), живших в лесу 40 млн. лет назад, а также около 200 видов растений. Животные, особенно насекомые, очень чувствительны к условиям среды, поэтому в ряде случаев они представляют собой хороший индикатор климата. Таким образом, органические остатки в янтаре служат прямым источником познания жизни на Земле много миллионов лет назад.

Следует отметить, что янтари с включениями насекомых имели и большую товарную ценность. В начале нашей эры за янтарь, содержавший погребенную мушку, финикийские купцы платили 120 мечей и 60 кинжалов. В начале XIX в. янтари с насекомыми были особенно модны во Франции и в России.

Коллекции включений флоры и фауны в янтаре имеются в музеях. Самой богатой в начале 40-х годов XX в. располагал музей Кенигсбергского университета. Эта коллекция насчитывала 70 тыс. образцов, среди них уникальным стала ящерица с оторванным хвостом. Были там муравьи и их скопления, стрекозы с распростертыми крыльями, едва умещавшимися в куске янтаря, жуки нескольких сот видов, рои пчел и ос, скоплепия мух и шмелей, множество пауков, бегущих по хорошо видимой паутине, точками висели в янтаре крохотные мушки. Коллекция не сохранилась, она была разрушена во время войны.

В России в кабинете естественной истории Виленского университета долгое время экспонировался янтарь, ставший гробницей для лягушки.

В 1872 г. на политехнической выставке в Москве была представлена коллекция из 130 кусочков янтаря с насекомыми.

В наше время богатая коллекция янтарей с животными и растениями экспонируется в Музее янтаря в Паланге. Она знакомит посетителей с десятками фрагментов флоры и фауны глубокой древности. Особенно интересны пауки с длинными ногами, как бы старающиеся ими оттолкнуться, вырваться на свободу, застывшие в полете мухи, толстые термиты и поджарые тараканы, муравьи, тащившие какую-то соломинку, и др. Растительные остатки представлены веточками растений, семенами, тычинками и пестиками, лепестками цветов.