5 сентября 1905 года в Портсмуте (США) был подписан мирный договор с Японией. Войну Россия проиграла, и в Маньчжурских армиях началась подготовка к переброске войск в Россию, что было весьма непростым делом, в том числе из-за погромов и насилий, которые солдаты творили на станциях КВЖД.

Главнокомандующий потребовал от командующих Маньчжурскими армиями наведения железного порядка на железной дороге.

Генерал Бильдерлинг направляет «единственную и достойную представительницу регулярной конницы России 2-ю Отдельную кавалерийскую бригаду» на станции Китайской восточной железной дороги для их охраны во время следования воинских эшелонов. Штаб бригады разместился в Харбине. Командир генерал-майор Степанов, которого Густав называл «играющим командиром с зачатками гомосексуалиста», разрешил командирам полков и эскадронов жить в городе и один раз в неделю навещать свои подразделения на железнодорожных станциях.

В ноябре 1905 года полковник Маннергейм, как доброволец, был отправлен в Петербург. Путешествие через неспокойную Сибирь продолжалось около месяца, поэтому он приехал в столицу в конце декабря. По дороге Густав увидел, к чему привела свобода, которая воспринималась просто: делай все, что хочешь. Вокзалы и железнодорожные депо были в руках бунтующих солдат. Военные коменданты вокзалов оказались беспомощными перед разъяренными вооруженными людьми. Все стремились поскорее добраться до дома.

Приехав в столицу, Маннергейм в Главном штабе узнал, что остался без должности, которая как штабная была исключена из штата 52-го драгунского Нежинского полка. Здесь, в Петербурге, его ждали неприятные семейные проблемы, которые он не разрешил, отправляясь на фронт. Густав стал агрессивен, так как ему казалось, что его военные заслуги не были оценены по достоинству. Столица напоминала ему кипящий котел, где волна беспорядков захлестнула улицы, ибо царский Манифест от 17 октября 1905 года не смог сбить революционную волну. Отдохнуть душой в родном Кавалергардском полку не удалось. Бывшие приятели не интересовались событиями Русско-японской войны. Они горделиво хвастались своими «подвигами» в борьбе с революционными рабочими. С восторгом обсуждали приказ об отточке шашек, предоставлявший самим офицерам защищать честь своего мундира на улицах города. Маннергейм отказывался от визитов к своим сослуживцам по Придворному конюшенному ведомству. Ему не хотелось смотреть на места, с которыми было связано так много неприятностей, где жена и дочери покинули его. Правда, полковника Гойнинген-Гюне он все же навестил. По-новому 38-летний полковник увидел высшее общество столицы Российской империи, которое учтиво подчеркивало, что сейчас он для них только «далекий маньчжурский элемент». Его в Петербурге просто забыли.

В начале января 1906 года Маннергейм, после большой медицинской комиссии, получил двухмесячный отпуск для лечения обострившегося ревматизма. Он поехал на родину в Финляндию и там участвовал в последнем сословном представительном собрании баронской ветви Маннергеймов.

16 марта 1906 года из канцелярии генерал-губернатора Великого княжества Финляндского в Гельсингфорсе полковнику Маннергейму вручили предписание Главного управления Генерального штаба с требованием прибыть 20 марта в Петербург и в 10 часов утра явиться к генералу от инфантерии Федору Федоровичу Палицыну.

Встреча с генералом, который всегда был дружески любезен с полковником, прошла как-то странно. Сухо пожав руку Маннергейма и остановив его рапорт, Палицын, разбирая бумаги на столе, спросил о войне. Без внимания выслушав рассказ, он сказал: «Относительно вас, барон, принимается важное решение, о котором вы узнаете через девять дней».

Русско-японская война сильно изменила былые взгляды и суждения Маннергейма — они стали более прогрессивными. Он очень хотел активно использовать в армейской жизни свой опыт, полученный на полях сражений в Маньчжурии, но город, с которым были связаны все его надежды, оказался неисправимым рабом старых привычек и традиций.

Наконец наступило 29 марта 1906 года. В огромном кабинете Палицына находились начальник 2-го Азиатского отдела Генштаба генерал-майор Васильев и начальник 4-го Туркестанского отделения полковник Цейль. Палицын, подойдя к столу, где лежала большая карта Дальнего Востока, сказал: «Генеральный штаб очень волнует положение на южных границах России. Китайские реформы превратили Поднебесную в опасный фактор силы. Возможна война, и начнется она в Туркестане, а у нас мало сведений о провинциях Западного Китая. Густав Карлович, вам предстоит совершить строго секретную поездку из Ташкента в Западный Китай, провинции Ганьсу, Шэньси. Продумайте маршрут своего похода и согласуйте его с генералом Васильевым. По всем организационным вопросам обращайтесь к полковнику Цейлю…» Немного подумав, Маннергейм сказал, что гордится доверием Генерального штаба. Однако он сомневается, сможет ли выполнить ответственное задание императора. «Даю вам, барон, два дня, чтобы подумать». Через день Густав дал свое согласие на участие в экспедиции и попросил два месяца, чтобы собрать необходимые для похода сведения. Разрешение было получено.

Маннергейм был очень воодушевлен этим серьезным заданием, которое продолжало традиции его семьи, заложенные знаменитым исследователем Нильсом Норденшельдом.

Научно-теоретическую подготовку к азиатской экспедиции он начал с Петербурга. По рекомендации действительного члена Русского географического общества генерала от инфантерии Бильдерлинга и генерал-майора Васильева Маннергейм получил доступ к фондам и материалам Музея антропологии и этнографии, а также отдела этнографии Русского музея. По его заданию Публичная библиотека и библиотека Русского географического общества делали подборки специальной литературы. Библиотека Генштаба познакомила Густава с закрытыми для печати отчетами об экспедициях в Среднюю Азию генералов H. М. Пржевальского и М. В. Певцова. Состоялась встреча с исследователем Центральной Азии П. К. Козловым. Труд был титанический. Забыв друзей и знакомых, Маннергейм работал по 10–12 часов в день, не прерываясь на обед и садясь за обеденный стол только вечером.

В Гельсингфорсе активный труд полковника продолжался. Карл Доннер помог Густаву установить контакты с Финно-Угорским обществом, которое подготовило рекомендательное письмо. Фонд Антелля, чтобы пополнить коллекцию финского Национального музея, выделил Маннергейму финансовую помощь. Дальнейшую этнографическую подготовку Густав получил в Стокгольме у своего двоюродного брата Эрланда Норденшельда, известного исследователя племен Южной Америки.

Возвратившись в столицу 10 июня 1906 года, Густав через два дня принял участие в большом секретном совещании Угенерала Палицына, на котором были утверждены маршрут, снабжение и финансирование экспедиции, определен порядок и каналы передачи информации в Петербург через отца Маннергейма. Густав был недоволен тем, что его включают в состав экспедиции французского социолога Поля Пеллио. Правда, вскоре по решению Николая II экспедиция Маннергейма приобрела самостоятельный статус.