Сам Ретик возвратился в Виттенберг только осенью 1542 года. Оставил Ретик своего престарелого учителя, к которому искренне привязался, с большим сожалением. Он много уговаривал Коперника согласиться на издание его фундаментального творения, которое он изучал с таким жаром. Но на издание всего труда Коперник никак не соглашался. Хотя прием, оказанный его теории в высших церковных кругах и был благосклонным, но Коперник не мог не понимать, что аргумент Лютера не был по существу аргументом «лютеранским». Противоречия между текстами «священного» писания и сущностью теории Коперника были настолько очевидными, что Коперник не мог чувствовать себя в безопасности. Настроение папы могло измениться, мог смениться и сам папа. Наконец, и местное начальство могло не одобрить книги Коперника. Со стороны епископа Дантиска он мог опасаться «отеческого» внушения по поводу «неправильных» и «неприемлемых» идей его труда.

Как бы то ни было, Коперник думал сначала напечатать только таблицы, им составленные, необходимые для предвычисления положений планет на небе по правилам его теории, и только. Для целей практических, по мнению Коперника, напечатания одних таблиц было бы вполне достаточно, ибо все, даже рядовые астрономы, смогут воспользоваться плодами его трудов. «Дюжинный астроном, — говорил Коперник, — воспользуется вычислениями, а тот, на кого милостиво взглянул Юпитер, сам найдет и выведет новые принципы по моим таблицам».

Но против решения Коперника напечатать одни таблицы с некоторыми к ним пояснениями, к счастью для науки, восстал друг Коперника, Тидеман Гизе, епископ кульмский. Он всячески убеждал Коперника отдать Ретику для напечатания все его сочинение полностью, без всяких выпусков, и Коперник, наконец, согласился. Сам епископ Гизе вместе с Ретиком составили предисловие, в котором всячески защищали Коперника от возможных обвинений в противоречии со священным писанием, но это предисловие напечатано не было. Вместо него Коперник сам предпослал своей книге посвящение главе католической церкви, папе Павлу III. Этим он «отводил глаза» от безусловно противобиблейского содержания своей книги.

Коперник уже после отъезда Ретика из Пруссии передал полностью свою рукопись, с посвящением папе, Тидеману Гизе, а тот, как заранее у него было условлено с Ретиком, тотчас же переслал ему драгоценную рукопись. Было заранее решено печатать ее в Нюренберге, где Ретику был лично знаком ученый издатель различных книг, преимущественно математического содержания, Иоганн Петрей. Последнему и поручил Ретик печатание рукописи, с таким трудом отвоеванной им у несговорчивого автора. Первые месяцы Ретик сам наблюдал за ее печатанием. Это происходило весной 1542 года. Зимой этого же года Ретик переехал из Нюренберга в Лейпциг, где тоже получил место профессора математики, а надзор за печатанием книги Коперника поручил Андрею Осиандру, известному лютеранскому богослову, который знал астрономию и занимался математикой.

Коперник находился с Осиандром в ученой переписке; когда еще Ретик был во Фрауенбурге, Осиандр прислал Копернику пространное письмо, в котором высказывал мысль, что для астрономических вычислений все дело в том, хорошо или плохо объясняются этими гипотезами видимые движения, происходящие на небесном своде. Астрономические гипотезы не связаны с верой и не являются ее выражением. Поэтому Осиандр советовал Копернику «что-нибудь прибавить» в его книге. Осиандр знал о гелиоцентрической гипотезе Коперника, и твердая уверенность великого астронома в ее правильности ему не нравилась. В гелиоцентрической системе мира он хотел видеть только математическую фикцию, с помощью которой можно удобно исследовать движения планет.

Одновременно с письмом к Копернику Осиандр написал и Ретику; обращаясь к нему как к протестанту и более молодому по годам человеку, он говорил более настойчиво:

«Аристотелики и богословы легко успокоятся, если им будет сказано, что возможны различные гипотезы для объяснения данного движения и что известные гипотезы предлагаются не потому, что они неизбежны, а потому, что с помощью их вычисления явлений и движений совершаются удобнее всего. Вполне возможно изобрести еще другие гипотезы. Если кто-либо придумает какой-либо целесообразный план для объяснения данного явления, другой может придумать еще более целесообразный; каждый волен это делать, и он еще заслужит благодарность за свое изобретение. Подобные замечания, направив противников от строгих порицаний к спокойному размышлению, сделают их более мягкими и снисходительными, а затем, после того как они напрасно будут стараться найти лучшее, они легко примут новое и привяжутся к нему».

Коперник не был убежден хитроумной дипломатией Осиандра; Ретик тоже остался верен своему учителю, но по отъезде своем из Нюренберга все-таки доверил надзор за печатанием книги Коперника тому же Осиандру. Последний исполнил возложенную на него обязанность, но, не испросив разрешения ни у Коперника, ни у Ретика, поместил в начале книги свое собственное предисловие, причем своей подписи под ним не поставил.

С этим анонимным предисловием, заслужившим печальную известность в истории астрономии, бессмертное творение Коперника, наконец, увидело свет в 1543 году.

Последние годы жизни Коперника были годами одиночества и скорби. Он попрежнему бывал на заседаниях капитула, правда, лишь тогда, когда его туда требовали. Он жил одиноко. Близких друзей во Фрауенбурге у него не осталось, сверстники его почти все умерли. Подробных сведений об его жизни после отъезда Ретика у нас вообще не имеется, и мы, в сущности, мало знаем даже об его последней болезни и смерти. Кое-что узнаем мы, впрочем, из сохранившихся писем преданнейшего друга Коперника, епископа Гизе.