Подчинение Константинопольскому патриарху и веротерпимость татар позволили русской православной церкви в годы татарского владычества (XIII-ХIV века) играть независимую от светской власти роль. Флорентийская уния и захват турками Константинополя прервали связь с греками, хотя поставить русского патриарха удалось лишь сто лет спустя. После распада Золотой Орды и Византии московские князья стали смотреть на себя как на фактических преемников татарских ханов и формальных – византийских императоров. Процесс «обрусения» церкви и «огосударствления» России изменил отношения между церковью и государством.

К началу XVI века два течения боролись внутри церкви – «иосифлян», во главе с игуменом Волоцкого монастыря Иосифом Саниным, и «нестяжателей», во главе со старцем Нилом Сорским. Поддерживать государство и пользоваться его поддержкой – такова была цель «иосифлян»; «нестяжатели» считали, что князьям нечего советоваться с умершими для мира иноками, но и пастыри не должны «страшиться власти». «Иосифляне» настаивали на казни еретиков; «нестяжатели» говорили, что церкви подобает действовать лишь убеждением и молитвой. «Иосифляне» видели «благочестие» в пышной утвари, стройном пении, преданности «букве» – «всем страстям мати мнения»; «нестяжатели» стремились к внутреннему устроению души, духовному деланию, не чужды были и «мнению», т.е. критическому подходу к Писанию. «Иосифляне» полагали силу церкви в богатстве монастырей; «нестяжатели» считали, что имущество следует раздавать нищим.

Взгляд «иосифлян» был понятней: аскетическая византийская церковь и языческое русское общество несколько веков шли навстречу друг другу, чтобы сойтись именно на обрядности, на освященных традицией и овеянных красотой формах, малиновом звоне, сладкоголосом пении, долгих церковных стояниях, строгих постах, старого письма иконах, драгоценных ризах. Тем более ожиданно было, что на сторону «иосифлян» стало государство – оно не тронуло монастырских земель, чего боялся Иосиф Волоцкий, но постепенно поглотило самое церковь, чего боялся Нил Сорский.

Победой «иосифлян» первый шаг к подчинению церкви государству был сделан. Но был сделан – хотя и подавленный – шаг в сторону «духовного делания», толкования Евангелия, живой проповеди. «Обрусение» церкви и победа «старины» оказались непрочными – в середине XVII века возникло в церковных кругах течение, стремящееся сблизить паству и пастырей не путем обрядов только, но путем проповеди, возникло сомнение в «благочестии» многих русских обрядов и богослужебных книг как явно расходящихся с греческими.

Сомнения эти патриархом Никоном разрешены были с русской решительностью – заменой многих обрядов и исправлением, а то и новым переводом богослужебных книг. Эта реформа повела к расколу, не только положив начало делению русских на «западников» и «славянофилов», но и сделав государство окончательным арбитром в делах церкви. Встав на сторону Никона против «раскольников», царь Алексей затем заменил его более послушным Иоасафом. Следующий шаг был сделан Петром, в начале XVIII века заменившим патриарха Синодом – коллегией высших церковных иерархов, назначаемых самим государем на время, с «обер-прокурором» в роли его представителя. Царь превратился в главу как светской, так и церковной власти, а Россия – в теократическое государство.

Далеко не все русские приняли новую церковь. Ни в народе, ни в западническом «образованном обществе» не прекращались поиски более глубокой и независимой от власти веры. Образованный класс качнулся в сторону «вольтерьянства», «безбожных сочинений ансиклопедистов», и в XIX веке «атеизм» стал исповеданием значительной части интеллигенции. Но параллельно шли и религиозные поиски – «общество» интересовалось то масонством, то католичеством, то протестантством, то мистическим сектантством, то сектантством рациональным, то принималось за составление собственных учений, а к концу XIX века возникло религиозно-философское движение за реформу православной церкви. В религиозно-философском обществе в Петербурге, где собирались писатели и философы вместе с иерархами церкви, Василий Розанов заговорил об «одухотворенности плоти», а Дмитрий Мережковский об «оплотнении духа». Все эти искания – в форме более упрощенной – захватывали и светские и обывательские круги.

Для народа дух религиозного протеста нашел прежде всего выход в «старообрядчестве». Отход старообрядцев от официальной церкви – или отход церкви от старых обрядов – и преследование старообрядцев государством повели к их дальнейшим расколам – на тех, кто желал сохранить традиционную структуру церкви, и тех, кто в ожидании скорого конца света ее отрицал. Начались «беспоповщина», самосожжение, воздержание от брака, ожидание в гробах Судного дня. Последние времена, однако, все не наступали, явился Антихрист в мир «чувственно» или только «духовно», было неясно, старообрядчество постепенно отказывалось от крайностей, но работа народному сомнению была дана.

Рубеж XVII-XVIII столетий был началом русского сектантства. Последователи отдельных сект были в России и раньше, главным образом под влиянием из Литвы и Швеции, но при склонности массы к обрядовой стороне религии учения их до поднятого расколом брожения отклика не получили. Первой русской рационалистической сектой – то есть основанной на разуме как посреднике и судьбе Откровения – были «евангелисты». Из их учения, что «человек есть живая церковь», был уже путь к «христианству духовному», имевшему подготовленную почву. Состояние, при котором человек чувствует себя во власти нечеловеческой воли, видит образы и произносит бессвязные слова, давно было известно русскому язычеству, в деревнях «пророки» и «пророчицы» тряслись, падали и кликушествовали. Объяснялось это силой дьявола, однако с конца XVII века некоторые «пророки» стали уверять, что говорят они «от Духа Святого».