Впоследствии эти отношения перерастут в близкие, сердечные. Влияло на них то обстоятельство, что каждый мог рассчитывать на дружеский совет и помощь при решении каких-то злободневных вопросов. Например, в 11 мая 1709 года Борис Петрович, рассчитывая на посредничество в своих отношениях с Петром Алексеевичем, обращался к Брюсу в письме: «Великий бы дал за то кошт, чтобы я тебя имел видеть персонально, понеже я тебя имею себе целым благодетелем, имея нужные до тебя интересы».

В марте 1703 года Шереметев и Брюс, первый с полками, а второй с артиллерией, двинулись, по царскому велению, к Ниеншанцу, который после пятидневной осады и одиночной бомбардировки к утру 1 мая 1703 года капитулировал. При осаде Ниеншанца использовались 16 трехпудовых мортир, 48 26- и 12-фунтовых пушек, каждая из которых сделала по девять выстрелов. При взятии Ниеншанца без штурма была захвачена вся артиллерии, 55 бомб, 195 бочек пороха, много ядер и картечи.

После взятия Ниеншанца Брюс принимает участие в военном совете, собранном для решения вопроса: «Тот ли шанец крепить, или иное место удобное искать (понеже оный мал, далеко от моря, и место не гораздо крепко от натуры), в котором положено искать новаго места, и по нескольких днях найдено к тому удобное место остров, который назывался Мост Еланд (т. е. Веселый остров), где 16 день мая… крепость заложена и именована Санкт-петербург».

Так, 16 (27) мая 1703 года был принят указ об основании города, ставшего впоследствии новой столицей России. Губернатором Санкт-Петербурга стал А. Д. Меншиков. Комендантом — полковник Рен (барон Карл Эвальд Магнусович Ренне (1663–1716)). Назначение произошло в день освящения новой крепости 29 июня 1703 года.

На этом посту, преобразованном в должность обер-коменданта, 20 мая 1704 года полковника Рена сменил брат Якова Вилимовича генерал-майор Роман Брюс.

После участия в военном совете, решившем судьбу Санкт-Петербурга, Я. В. Брюс весной 1704 года распоряжался доставкой из Петербурга и Шлиссельбурга под Нарву осадной артиллерии. При осаде Нарвы артиллерия Брюса состояла из 19 24-фунтовых, 22 18-фунтовых, 13 12-фунтовых, 12 трехфунтовых, двух 36-фунтовых, семи малых мортир и одной пудовой гаубицы. Во время осады Нарвы 1704 года по городу было выпущено 10 003 пуда пороха, 12 358 ядер, 5714 бомб. Артиллерийский обстрел Нарвы продолжался десять дней. В результате были пробиты многочисленные бреши и частично выведена из строя крепостная артиллерия, что и обеспечило успешный штурм крепости 9 августа.

А десять дней спустя, когда «Его Величество из Нарвы путь свой восприял в Дерпт со всеми министрами и генералитетом для показания им оной Дерптской фортеции (незадолго перед тем взятой Шереметевым), Брюс в числе прочих сопровождал Государя и после нескольких дней пребывания в Дерпте, со всеми прочими отпущен в Нарву, где он, как кажется, тогда же получил загородное место, на котором начал обзаводиться кое-каким хозяйством».

По всей вероятности, в ноябре, при посещении Нарвы Петром, Я. В. Брюс получает назначение исполнять обязанности генерал-фельдцейхмейстера — командующего войсками артиллерии. Формально эта должность оставалась за находившимся с 1700 года в шведском плену имеретинским царевичем Александром Арчилловичем, который в 1711 году скончался, после чего Яков Брюс был утвержден генерал-фельдцейхмейстером.

Первым распоряжением генерал-фельдцейхмейстеру Брюсу Петр 17 ноября 1704 года приказывает прибавить в Нарву и Петербург по 7000 трехпудовых и по 7000 девятипудовых бомб, да по 400 выстрелов пороха и умножить личный состав артиллерии до 600 человек, из них 200 человек в поле. 23 марта 1705 года Брюс писал из Москвы Петру в Воронеж: «Заготовил пороху на 50 000 чел. По 300 выстрелов на каждого, ни коим образом не возможно, потому что выйдет более 23 000 пуд, а у нас всего пушечнаго только 1500 пуд. Постараюсь изготовить, хотя по 100 выстрелов. Большее горе — мало денег».

Затем он выезжает в Смоленск для снаряжения и отправки армии в Полоцк, куда на защиту от шведов союзника Петра польского короля Августа II шла русская армия численностью 40 тысяч пехоты и 20 тысяч конницы.

М. Д. Хмыров приводит информацию о донесении от 15 июля 1705 года цесарского резидента Тийера, жившего тогда в Москве. В этом сообщении, как выражается Хмыров, резидент баснословит, что при армии, двинутой в Полоцк, было до трех тысяч орудий. Цифра явно завышена, но само это обстоятельство говорит о том, какой грозной силой стала артиллерия Я. В. Брюса к 1705 году.

Фактически после взятия Нотебурга в 1702 году в России начинает свой победный путь новая русская артиллерия, кардинально преобразованная, а лучше сказать — созданная Я. В. Брюсом.

К тому времени артиллерийское дело в передовых странах Европы, особенно в Швеции, достигло очень высокого уровня. В конце XVII века было покончено с цеховой организацией артиллерии, началось промышленное производство на мануфактурах орудий и ядер. Артиллерия, окончательно введенная в состав армии, признавалась особым родом войск, и для нее открывались широкие возможности развития. Были унифицированы калибры артиллерийских орудий, значительно снижен их вес, улучшена конструкция лафетов. Благодаря этому значительно повысилась подвижность артиллерии. Тогда же получили распространение зарядные пороховые рубки, картузы, картечи. Произошло разделение артиллерии на тяжелую и легкую, чем были заложены основы тактики полевой артиллерии. Начали формироваться научные основы развития артиллерийского дела. Все это повысило в значительной мере очевидную мощь этого рода войск.

Россия же в этом направлении значительно отставала.

Русская артиллерия — пушечный наряд — комплектовалась личным составом аналогично стрелецким полкам: за свою службу пушкари получали денежное и хлебное жалованье или земельный надел. Служба пушкарей была наследственной. Подобно стрельцам, пушкари в свободное от службы время занимались торговлей и ремеслами. В военное время для обслуживания пушечного наряда привлекались дополнительно ратные люди, набранные от тяглового населения. Вся русская артиллерия подразделялась на городовой наряд (осадные и крепостные орудия) и полковой наряд (легкая и тяжелая полевая артиллерия). В составе полевой артиллерии выделяли полковую, т. е. приданную пехотным, стрелецким и солдатским полкам.